De projecten binnen het onderdeel Huisartsgeneeskunde (HG) dragen bij aan de ontwikkeling van nieuwe kennis rondom ziekten waar huisartsen in de dagelijkse praktijk veel mee te maken hebben. Het gaat hierbij om wetenschappelijke vragen uit de klinische praktijk van de huisarts rondom diagnostiek, beloop en beleid van klachten en ziekten. De inhoudelijke thema’s sluiten aan bij bestaande onderzoekslijnen of bij de lacunes die het NHG in kaart heeft gebracht. Doordat de onderzoeken worden uitgevoerd door artsen in opleiding tot onderzoeker (aioto) dragen ze ook bij aan de academisering van de opleidingen.
Ongeveer eenmaal per jaar werden er vanuit het programma Huisartsgeneeskunde en Ouderengeneeskunde subsidieoproepen opengesteld. Afdelingen Huisartsgeneeskunde van de Nederlandse universitaire medische centra (umc’s) met een huisartsopleiding konden subsidie aanvragen. Aanvragers konden uitsluitend indienen als zij namens de organisatie en afdeling hiervoor per e-mail waren uitgenodigd door ZonMw. Wie mochten indienen, werd bepaald door de SBOH. Zo werd het beschikbare budget evenredig verdeeld over alle afdelingen. In het najaar van 2021 zijn de laatste subsidieoproepen opengesteld.