INoVA hub helpt wetenschappers bij kiezen voor proefdiervrij onderzoek
TNO heeft een nieuw platform ontwikkeld voor onderzoekers die biomedisch onderzoek doen. Met de zoekmachine INoVA hub kunnen gebruikers eenvoudig ontdekken welke modellen en methoden er bij internationaal onderzoek zijn toegepast en welke uitkomsten deze hebben. Het platform bevordert het gebruik van alternatieven voor proefdieren.
‘Je wilt bij onderzoek naar ziektes en geneesmiddelen zoveel mogelijk dierproeven vermijden. Helemaal zonder kan nog niet. Daarom zijn we ook niet tegen onderzoek waarbij proefdieren worden gebruikt. Maar het moet zo min mogelijk gebeuren. Als het kan, willen we dat onderzoekers hun onderzoek Proefdiervrij doen’, zegt Jennifer McCormack-Venhorst.
Ze is senior scientist bij TNO op het gebied van digital health en biomedisch onderzoek, waarbij oorzaken van ziektes en behandelmethodes centraal staan.
Meer Kennis met Minder Dieren
McCormack en haar collega’s reageerden enthousiast toen ze een nieuwe subsidieoproep zagen van het programma Meer Kennis met Minder Dieren (MKMD), waarmee ZonMw in opdracht van het ministerie van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (LVVN) de ontwikkeling en het gebruik van proefdiervrije methoden bevordert.
Bij deze ronde ging het om projecten die wetenschappelijke literatuur ontsluiten zodat onderzoekers gemakkelijker kunnen zien welke methodes bij biomedische studies worden gebruikt. ‘We deden al literatuuranalyses die hier naadloos op aansloten. Daarom hadden we een goede basis om te starten’, zegt McCormack.
Ontelbare studies
Het is voor een onderzoeker ondoenlijk om zelf de ontelbare internationale biomedische studies door te spitten om te zien welke modellen en methoden andere wetenschappers hebben toegepast, uiteenlopend van computermodellen tot dierproeven en labonderzoek waarbij ‘in vitro’ wordt onderzocht hoe cellen in een experiment reageren op een toegevoegde stof.
‘Het idee is dat als deze informatie gemakkelijk voor onderzoekers te vinden is, ze sneller zullen kiezen voor een proefdiervrije methode, legt McCormack uit.
Miljoenen artikelen en verschillende termen
Met haar team besloot ze om een digitale zoekmachine te ontwikkelen op basis van de samenvattingen van de miljoenen biomedische artikelen die PubMed vanaf 2015 online publiceerde.
‘We kozen voor PubMed omdat we daar voor onze literatuurstudies al mee bezig waren. Maar er zijn natuurlijk ook andere data-bronnen’, zegt McCormack. Het was een enorme klus. Met acht collega’s vanuit verschillende disciplines hebben ze er ruim 1,5 jaar aan gewerkt.
Wat het herkennen van modellen in tekst ingewikkeld maakt, is dat wereldwijd onderzoekers vaak verschillende terminologieën gebruiken in hun publicaties. Als het gaat om ziekten en geneesmiddelen, gebruikt men nog wel vaak dezelfde termen. Als je een zoekterm invult, kun je publicaties daarover vinden. ‘Maar voor de toegepaste methoden en modellen zijn geen standaardtermen. Ook worden er veel afkortingen gebruikt. Het zijn niet alleen obstakels voor onderzoekers om de juiste informatie te vinden, maar ook om het platform te ontwikkelen’, legt McCormack uit.
Large Language Model
Het team ging aan de slag met ‘text mining.’ Op een geautomatiseerde manier zochten ze in de miljoenen samenvattingen welke uiteenlopende termen en aanduidingen er allemaal worden gebruikt. Daarvoor hebben ze eerst een ‘large language model’ getraind zodat de zoekmachine termen zelf herkent. Inmiddels is de tool klaar.
INoVA hub staat voor Interactive Navigation Of in Vivo models and Alternatives. Het is bestemd voor alle wetenschappers die bezig zijn met experimentele biomedische studies. Ze kunnen via de INoVA hub alle artikelen op PubMed doorzoeken en filteren op ziektes en aandoeningen (zoals cardiovasculaire ziekten), organen (bijvoorbeeld hart) en soort model (bijvoorbeeld wel of geen dierproeven) en op welke diersoort het model is gebaseerd (bijvoorbeeld cellen van de mens, knaagdieren, zebravis of honden). INoVA hub
Het maakt de zoekstrategie veel gemakkelijker. Als wetenschapper hoef je niet meer zelf in PubMed te zoeken en veel te klikken om dan nog niet te hebben gevonden wat je zoekt. Je bent sneller bij de informatie en kunt de gebruikte modellen gemakkelijker vinden. Ik hoop dat wetenschappers hiermee een efficiencyslag kunnen maken.
Snellere transitie naar dierproefvrij
De INoVA hub zorgt er ook voor dat onderzoekers sneller zien welke alternatieven er voor dierproefvrij onderzoek zijn, zodat ze die als voorkeursoptie voor hun studie kunnen kiezen.
‘We hebben de tool ook ontwikkeld om de transitie naar Proefdiervrij-onderzoek een push te geven en te versnellen.’ McCormack ziet dat een aantal universiteiten deze verandering al hebben ingezet. ‘Hoe meer we het faciliteren, hoe beter het is. Daar willen we met de INoVA hub aan bijdragen.’
Achtergrond
Met het programma Meer Kennis met Minder Dieren (MKMD) bevordert ZonMw in opdracht van het ministerie van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (LVVN) de ontwikkeling en het gebruik van proefdiervrije methodes. Waar dat (nog) niet mogelijk is, zet ZonMw in op effectiever gebruik van de resultaten van dierproeven. MKMD programma