Projectomschrijving

Het doel van dit project was om het zebravis modelsysteem uit te breiden en hiermee compatibel te maken met hoogwaardige massaspectrometrie in het algemeen en proteomics in het bijzonder. Wij hebben hiervoor protocollen voor experiment, opzet en data analyse nieuw ontwikkeld en verder verfijnd. In een wereldwijde samenwerking met gelijksoortige onderzoeksgroepen hebben wij dit doel binnen de gestelde termijn volledig behaald. Zebravis modelsystemen en data verkregen van zebravissen kunnen nu zonder problemen worden geanalyseerd in zowel technische als bioinformatische zin, vergelijkbaar met gevestigde en veelgebruikte modelsystemen (zoals muizen).

Wij hebben een aanzet gegeven tot een analyse van evolutionaire verbanden tussen modelorganismen en andere soorten, gebaseerd op een database van massaspectra van peptide-identificaties (een zogenaamde massaspectrumbibliotheek) en peptide-standaarden voor kwantitatieve proteomics, in modelsystemen voor de bestudering van zowel infectieziekten als kanker.

Massaspectrumbibliotheken

Wij hebben een methode opgezet voor het samenstellen van massaspectrumbibliotheken gecombineerd met cellulaire differentiatie in de zebravis aan de hand van een zeer efficiënt eiwitzuiveringsprotocol. Hiermee konden wij een uitgebreide en anatomisch relevante massaspectrumbibliotheek van de zebravis samenstellen, welke de standaard is geworden voor NIST (National Institute of Standards and Technology in de Verenigde Staten). Gebruikmakend van ons zebravis proteomics platform hebben wij de bioinformatica verder ontwikkeld voor een verwant karper modelsysteem, een beloftevol modelsysteem voor de toekomst.

Een toevallige en gelijktijdige oogst van dit project is dat de massaspectrumbibliotheken voor het identificeren van organismen en weefsels (met name voor vissoorten) ook gebruikt worden door het RIKILT in Wageningen en onderzoeksgroepen in België, Denemarken, Noorwegen en Zweden. Dit werk heeft reeds zes publicaties opgeleverd en geleid tot nieuw onderzoeksgeld van de Noorse onderzoeksraad. De samenwerkingen die wij hebben opgezet tijdens dit project duren voort en een aantal veelbelovende en spannende resultaten liggen klaar voor opschrijven en publicatie.

Naar boven
Direct naar: InhoudDirect naar: NavigatieDirect naar: Onderkant website