Verslagen

Voortgangsverslag

Samenvatting
Dit item is dichtgeklapt
Dit item is opengeklapt

We analyseerden onze pilotstudie waarin het neusmicrobioom van biggen gedurende 42 dagen werd gevolgd. We hebben 16S amplicon-sequencing en tuf amplicon-sequencing gebruikt om het microbioom te bepalen en om concurrerende soorten te vinden tijdens de eerste levensfase van de biggen. We hebben in totaal 15 soorten gedetecteerd die negatief gecorreleerd zijn met Staphylococcus aureus en / of MRSA-kolonisatie. Omdat er geen monsters werden verzameld om te kweken, functioneert de pilot voornamelijk als een methode om te bepalen welk tijdstip optimaal is om concurrerende bacteriën te vinden.

 

We hebben de bemonsteringsfase van workpackage 1 voltooid en DNA werd geïsoleerd uit de swabs die zullen worden gebruikt om de samenstelling van het microbioom te bepalen met behulp van 16S-sequencing en shotgun-metagenomics. Ten slotte werd de MRSA-status van elk monster bepaald met behulp van qPCR.

 

Resultaten
Dit item is dichtgeklapt
Dit item is opengeklapt

Na het verkrijgen van toestemming voor het bemonsteren van de biggen heeft het consortium de neusswabs verzameld welke onderdeel vormen van Work Package 1. We hebben biobank opgebouwd met neusswabs van biggen van 0 tot 70 dagen met in totaal 16 monsters per big. In het project hebben we 3 landen bemonsterd, 3 bedrijven per land, 4 tomen per bedrijf en 7 biggen per toom, hetgeen resulteerde in 256 bemonsterde biggen. Er werden van elke big twee monsters genomen, één voor bacteriekweek en één voor DNA-isolatie.

 

DNA werd geïsoleerd uit geselecteerde swabs en met dit DNA wordt de aanwezigheid van Staphylococcus aureus en het mecA-resistentiegen met behulp van qPCR bepaald. Het microbioom zal worden bepaald met behulp van 16S amplicon-sequencing en shotgun-metagenomics sequencing waaruit de microflora die concurreert met Staphylococcus aureus zal worden geselecteerd.

 

Verder analyseerden we de resultaten van een pilot-studie in samenwerking met partner UCC waarin het nasale microbioom van 2 tomen werd gevolgd gedurende een periode van 42 dagen. Hier hebben we 16S amplicon-sequencing en tuf-amplicon-sequencing gebruikt om het microbioom te bepalen en om concurrerende soorten te vinden. We hebben in totaal 15 soorten gedetecteerd die negatief gecorreleerd zijn met Staphylococcus aureus en / of MRSA-kolonisatie. Omdat er geen monsters werden verzameld om te kweken, functioneert de pilot voornamelijk als een methode om te bepalen welk tijdstip optimaal is om concurrerende bacteriën te vinden.

 

Samenvatting van de aanvraag

Samenvatting
Dit item is dichtgeklapt
Dit item is opengeklapt

Varkenshouders, hun medewerkers en andere personen die varkensbedrijven bezoeken lopen een risico om besmet te worden met Livestock-Associated Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (LA-MRSA) door blootstelling aan stalstof en door contact met varkens. Dit geeft problemen bij ziekenhuisbezoek omdat deze mensen een potentieel risico vormen. Ziekenhuizen hebben hiervoor maatregelen getroffen, echter deze maatregelen kosten tijd, geld en zorgen voor groot ongemak. Onlangs is aangetoond in Denemarken dat de LA-MRSA stam zich aanpast aan overleven in mensen, waardoor overdracht tussen mensen efficiënter kan verlopen. Hierdoor kan de stam mogelijk van mens naar mens gaan verspreiden wat een groter risico geeft voor verspreiding in ziekenhuizen én het zorgt voor een minder duidelijke risicogroep bij binnenkomst van het ziekenhuis – niet alleen mensen met diercontact.

 

In een pilot study hebben wij aangetoond dat biggen binnen een aantal dagen na hun geboorte gekoloniseerd raken met LA-MRSA. Verder hebben we aangetoond dat bepaalde commensale bacteriën een mogelijke antagonistische relatie hebben met S. aureus. Meer informatie is nodig om uit te vinden welke soorten specifiek de competitie aan gaan met S. aureus en welke mechanismen zij hiervoor gebruiken. Ons project heeft als doel deze soorten te identificeren, te isoleren en daarna deze te gebruiken voor de kolonisatie van varkensneuzen. Hiervoor gebruiken wij metagenomics, bioinformatica, high throughput stam identificatie, gevolgd door veldproeven in meerdere landen waarbij we tezamen met een industriële partner de neuzen van biggen koloniseren met een cocktail van onder GMP geproduceerde commensale stammen waardoor LA-MRSA geen kans maakt om te koloniseren in de neuzen van biggen. Overdracht van LA-MRSA naar mensen via stof zal hierdoor sterk beperkt worden wat het risico op besmetting van de mens reduceert.

 

Naar boven
Direct naar: InhoudDirect naar: NavigatieDirect naar: Onderkant website