Verslagen

Voortgangsverslag

Samenvatting
Dit item is dichtgeklapt
Dit item is opengeklapt

Dit project heeft tot doel om de belangrijkste bronnen en verspreidingsroutes van Campylobacter in het milieu te identificeren en vervolgens de bijdrage hiervan aan de morbiditeit van humane campylobacteriose via verschillende transmissieroutes te bepalen. Dit onderzoek wordt op een integratieve manier aangepakt, waarbij genetische data (whole-genome-sequencing) van Campylobacter stammen zullen worden gekoppeld met state-of-the-art statistische en epidemiologische methoden. Het tweede jaar van het project markeerde de bijna-voltooiing van de database die in de komende analyses gebruikt zal worden. Monsters zijn verzameld van nagenoeg alle beoogde diersoorten en de omgeving (Tabel 1). Voor een klein deel van de monsters (5,4%) werd de data verzameling verstoord door de zeer hoge temperaturen en droogte die in het afgelopen jaar (2018) in heel Nederland werd waargenomen. Deze en nog eens 10% van de monsters zullen naar verwachting in de komende drie maanden worden verzameld zonder nadelige gevolgen voor de verdere voortgang van het project. Dankzij een samenwerking met de Nederlandse Voedsel- en Warenautoriteit (NVWA) en Wageningen Bioveterinary Research (WBVR) zijn anvullende Campylobacter-isolaten van verschillende diersoorten bemonsterd, zodat het totale aantal beschikbare sequenties momenteel 1337 bedraagt, in plaats van 1200 gepland in het project (Tabel 1). De genetische data en bijbehorende metadata zullen in de komende 24 maanden gebruikt worden voor bronattributie analyses binnen WP5 om de onderzoeksvragen van het project te kunnen beantwoorden.

Resultaten
Dit item is dichtgeklapt
Dit item is opengeklapt

WP1

In totaal zijn 1701 Campylobacter isolaten van patiënten verzameld via de voormalige streeklaboratoria die deelnemen aan surveillance van humane enteropathogenen in Nederland. Daarnaast zijn 611 vragenlijsten van patiënten verzameld die door de laboratoria via de huisarts naar de patiënten waren verstuurd. Na het filteren van de vragenlijsten van patiënten die tijdens de incubatieperiode naar het buitenland hebben gereisd, bevat de verzameling 448 vragenlijsten. Hieruit zal relevante epidemiologische informatie over demografie, voedselconsumptie en eetgewoonten, blootstelling aan dieren en aan het milieu, beroeps- en reisgeschiedenis, recreatieve activiteiten, medische geschiedenis/medicatiegebruik, evenals contact met andere gastro-enteritispatiënten worden geanalyseerd. Gegevens van de patiënten zullen worden vergeleken met gezonde controles van een doorlopende bevolkingsenquête die sinds 2008 in Nederland bestaat, en zullen in WP5 worden geanalyseerd om risicofactoren voor campylobacteriose te identificeren.

 

WP2

Dit project onderzoekt de rol van het milieu in de transmissie van Campylobacter naar de mens. In WP2 is een representatieve verzameling van Campylobacter isolaten van verschillende soorten oppervlaktewater in Nederland opgebouwd. Zoals gepland zijn er 6 geografische gebieden bemonsterd, elk op 15 verschillende locaties en in alle seizoenen (6×15×4), wat resulteerde in 361 watermonsters. Hiervan waren er al 330 getest op de aanwezigheid van Campylobacter, en 213 waren Campylobacter-positief (64,5%). Campylobacter werd gedetecteerd in 63% van de voorjaar-, 54% van de zomer- en 74% van de herfstmonsters. Van de positieve monsters bevatten 134 C. coli (40,6%), 45 C. jejuni (13,6%), 7 C. lari (2,1%), 25 een combinatie van C. coli en C. jejuni (7,6%), en 2 een combinatie van C. jejuni en C. lari (0,6%). Wanneer gekeken wordt naar oppervlaktewatertype, waren 81 van de 110 (73,6%) agrarische/natuurlijke monsters, 84 van de 110 (76,4%) effluent lozingspunt monsters, en 48 van de 110 (43,6%) recreatiewatermonsters positief voor C. coli en/of C. jejuni. WGS-data werden verkregen uit 210 isolaten.

 

WP3

In 2018 is er een representatieve verzameling Campylobacter isolaten van landbouw- en gezelschapsdieren in Nederland opgebouwd om te bepalen wat de bijdrage is van deze verschillende diergroepen aan de contaminatie van oppervlaktewater (en uiteindelijk mensen) met Campylobacter. Van totaal 306 pluimvee, 215 grote herkauwers, 73 kleine herkauwers en 113 varkens blindedarm isolaten zijn WGS bepaald. Met een prevalentie van Campylobacter infectie van 34,67%, leverde vleeskuikens 16 isolaten op van C. coli (5,33%) en 88 isolaten van C. jejuni (29,33%). Van varkens is Campylobacter coli de enige geïsoleerde soort. De vleeskalvenmonsters bevatten 11 C. coli (3,67%) en 41 C. jejuni (13,67%) positieve monsters. Van melkkoeien bevatten 51 monsters (17%) Campylobacter soorten - 2 (0,67%) C. coli en 49 (16,83%) C. jejuni. Omdat huisdieren dezelfde leefomgeving met mensen delen en, evenals vee, een bijdrage kunnen leveren aan de verspreiding van Campylobacter in het milieu, zullen ook monsters van deze dieren meegenomen worden in de bronattributie analyse. Door UU, zijn er 844 honden en 354 katten uit heel Nederland getest op Campylobacter. Isolaten werden verkregen uit 86 (10,19%) fecesmonsters van honden, met 5 (0,59%) C. coli en 81 (9,59%) C. jejuni, en 16 (4,52%) fecale monsters van katten - exclusief C. jejuni.

 

WP4

Binnen WP4 is een representatieve verzameling van Campylobacter isolaten van de belangrijkste wilde vogelsoortenin Nederland opgebouwd. Verse uitwerpselen zijn verzameld van de vogelsoorten die bekend staan als gangbare dragers van Campylobacter en die vaak in contact komen met mensen en / of oppervlaktewater in Nederland. Cloaca swabs van levende vogels werden verzameld om het risico van externe Campylobacter-besmetting en van kruiscontaminatie van Campylobacter soorten die voorkomen bij koppels van gemengde volgelsoorten te voorkomen. Het aantal Campylobacter-isolaten dat tot nu toe is onderworpen aan whole-genome sequencing is 35. De monsters werden geïsoleerd uit Anas penelope (smient, n = 2), Anser anser (grauwe gans, n = 5), Columba palumbus (houtduif, n = 3), Cygnus olor (knobbelzwaan, n = 8), Larus argentatus (zilvermeeuw, n = 2), Larus fuscus (kleine mantelmeeuw, n = 5) en Phalacrocorax carbo (grote aalscholver, n = 10). De overige isolaten die nodig zijn voor de analyse, zijn bemonsterd en zullen binnenkort worden gesequenced.

 

WP5

De analyses gepland voor WP5 zijn al gestart op de gedeeltelijke dataset, met analyse van de Campylobacter plasmiden (UU) en onderzoek van de populatiestructuur van Campylobacter jejuni (RIVM). Met ingang van februari van dit jaar is de bronattributiemodellering gestart. De resultaten van deze analyses zullen in de volgende 24 maanden gedissemineerd worden door het publiceren in peer-reviewed wetenschappelijke tijdschriften.

 

Samenvatting van de aanvraag

Samenvatting
Dit item is dichtgeklapt
Dit item is opengeklapt

Campylobacteriosis is the primary zoonosis in Europe, causing over 1.6 M cases and €76 M costs annually in the Netherlands alone (~17 M people). Most cases are caused by Campylobacter jejuni and C. coli, which are widespread in livestock and wildlife, providing many ways for human exposure beyond just food. Despite all the research and control efforts in the food chain, there is no significant decrease in human campylobacteriosis. Up to 80% of human campylobacteriosis cases can be attributed to the poultry reservoir, but only ~40% of poultry-borne cases are attributable to poultry consumption; thus, many poultry-borne Campylobacter strains infect humans via other routes. Campylobacter is often found in environmental sources like surface water, indicating recent contamination with (animal) fecal material, but its environmental routes are still largely unexplored. While Campylobacter survives poorly outside the host, there are some environmentally adapted strains that play a key role in the transmission between animals and humans via the environment. Surface water is a ‘sink’ that collects Campylobacter strains from different hosts whose relative contributions are largely unknown, though wild birds are thought to play a major role. However, the devastating H7N7 bird flu epidemic hitting the Netherlands in 2003 showed that even without a huge drop in poultry consumption, the massive poultry culling and closure of poultry abattoirs to contain the epidemic was associated with a 44-50% drop in human campylobacteriosis where these measures were enforced, suggesting a major role of the environment in human exposure to poultry-borne strains. Moreover, while studies show that poultry and wild birds are the most important contributors to Campylobacter surface water pollution, their contributions vary with the size of the poultry production. The environment may also act as a source of Campylobacter (re)colonization in livestock. As the environment seems to be a key player in Campylobacter epidemiology and the non-foodborne side of campylobacteriosis receives little attention despite its potential to provide new targets for Campylobacter control and research, this project will discern the origins and spread of Campylobacter strains contaminating the environment and will determine their contribution to human campylobacteriosis morbidity, as well as the underlying (non-foodborne) transmission routes. As a collaboration of 4 leading institutes in public, animal and environmental health in the Netherlands (RIVM, CVI, UU and Alterra WUR), we will collect and type with a gene-by-gene approach (whole-genome multilocus sequence typing, wg-MLST) over 1200 C. jejuni/coli isolates representative of the Dutch eco-epidemiological situation from human cases, surface water (agricultural ditches, recreational waters, wastewater outlets), animals (broilers, layers, beef/dairy cattle, sheep/goats, pigs, pets), and wild birds (Anseriformers, Charadriformes, Columbiformes, Suliformes) using both well-established surveillance systems and ad hoc sampling schemes. We will: (i) characterize genotypically the strains circulating in surface water, animals and humans; (ii) quantify the contribution of different wild bird, farm and companion animals to Campylobacter pollution in different surface water types, seasons and areas with varying human, livestock and wild bird densities; (iii) quantify the contribution of different animal reservoirs and surface water to human campylobacteriosis in different seasons and areas with varying human, livestock and wild bird densities to estimate both the fraction of human cases attributable to the environment and the relation between human cases and reservoir density; (iv) determine the evolutionary history and relations of Campylobacter strains in the environment, humans and animals to understand their diversity and ecology, identify source-specific genetic markers, examine the role of the environment in the emergence of pathogenic strains, and perform source attribution at a high resolution; (v) conduct combined source attribution and case-control analyses to identify risk exposures for human campylobacteriosis of environmental origin and its underlying transmission routes. By depicting the epidemiology of non-foodborne campylobacteriosis, this project will allow for the delineation of more holistic control strategies, including those preventing Campylobacter dissemination into the environment. Besides standard scientific outputs, the results of this project will be translated into practical action points and advices for regulatory authorities on how to tackle environmental campylobacteriosis. The project members host national/international Campylobacter reference labs and participate since many years in advisory groups for the Dutch Ministries of Health and Economic Affairs, as well as the poultry industry, so through these forums knowledge gained in this project will be translated into interventions.

Naar boven
Direct naar: InhoudDirect naar: NavigatieDirect naar: Onderkant website