LAMP-based molecular diagnostics of SARS-CoV-2
Projectomschrijving
Het snel en efficiënt kunnen bepalen of iemand besmet is met het SARS CoV-2 Coronavirus is van groot belang om verdere verspreiding van de besmetting te voorkomen. In de huidige aanpak zijn er gevoelige methoden (o.a. qPCR) beschikbaar die relatief langzaam zijn (18-30 uur), en snelle methoden die relatief ongevoelig zijn. Bij een ongevoelige test kunnen personen negatief testen die toch besmet zijn; een trage testuitslag kan ertoe leiden dat personen onnodig lang in quarantaine zitten, maar verhoogt ook de kans op besmetting wanneer mensen zich niet strikt aan de quarantainemaatregelen houden.
In dit project is gewerkt aan een alternatieve testmethode RT-LAMP die zowel snel als gevoelig is. De testmethode kan op de grotere testlocaties worden ingezet door middel van een ‘pop-up lab’. Alhoewel de RT-LAMP test binnen 45 minuten een testresultaat kan genereren, is onder praktijk omstandigheden gebleken dat de testuitslag binnen twee uur afgegeven kan worden. Om te zorgen dat de nieuwe testmethode minder gevoelig is voor tekorten in reagentia en laboratorium benodigdheden is onder andere een productiewijze opgezet voor kritische reagentia.
Verslagen
Eindverslag
De huidige aanpak voor het diagnosticeren/detecteren van het coronavirus is gebaseerd op RT-qPCR (real-time reverse transcriptase polymerase chain reactie) oftewel PCR-tests. Deze manier van testen is zeer betrouwbaar, maar de benodigde inzet van deze test vraagt veel van de huidige laboratoriuminfrastructuur en zorgt voor tekorten in de benodigde materialen en reagentia voor het uitvoeren van deze tests. Hierdoor is het grootschalig testen van mensen op COVID-19 een enorme (logistieke) uitdaging. Diagnostiek gebaseerd op loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is een alternatief voor het testen met PCR en kan worden ingezet om de huidige testcapaciteit voor COVID-19 op te schalen. LAMP kan parallel met de bestaande PCR-tests worden uitgevoerd en kan daarmee de testcapaciteit in Nederland aanzienlijk vergroten. In dit onderzoek is toegewerkt naar een op LAMP gebaseerde testmethode voor COVID-19 en uitgerold in een GGD teststraat.