Mobiele menu

WGS-first approach: ‘One-test-fits-all’ to diagnose rare genetic disorders

Projectomschrijving

Samenvatting na afronding

De zoektocht naar de genetische diagnose bij kinderen met een zeldzame ziekte is vaak lang. In dit onderzoek is getracht het traject tot diagnose te verkorten, door:

  1. sneller genetisch testen in te zetten (spoedWES)
  2. een alles omvattende test te gebruiken (WGS), zodat met een enkele test alle oorzaken gevonden kunnen worden.

Resultaten

Er is aangetoond dat door de inzet van spoedWES bij ernstig zieke neonaten meer diagnoses kunnen worden gevonden. Deze snellere route is bovendien kosteneffectief. Bij patiënten met een neuronale ontwikkelingsstoornis is gebleken dat WGS weliswaar een allesomvattende test is die alle genetische oorzaken kan opsporen, maar dat deze niet leidt tot meer diagnoses en bovendien duurder is.
Mede op basis van de positieve ervaringen van de (eind)gebruikers van de test is de spoedWES route inmiddels geïmplementeerd voor alle patiënten bij wie de genetische diagnose impact kan hebben op behandelkeuzes.

Samenvatting bij start

Er zijn 5.000 tot 8.000 genetische ziekten. De helft komt al tot uiting in de neonatale fase en resulteert vaak in een opname op de neonatale intensive care. Het vinden van de oorzaak is lastig terwijl deze bepalend kan zijn voor medisch beleid.

Doel

Onderzocht wordt of het versneld uitvoeren van bestaande genetische diagnostiek (exoomsequencing) bijdraagt aan een snellere diagnosestelling. Daarnaast wordt bestudeerd of bestaande diagnostiek kan worden verbeterd door het toepassen van genoomsequencing (WGS). WGS bepaalt in één experiment de gehele genetische code waarmee het andere type diagnostiek kan vervangen. Dit laatste is met name interessant voor patiënten met een ontwikkelingsstoornis, omdat zij veel verschillende testen ondergaan.
De verwachting is dat het onderzoek zal leiden tot snellere diagnosen zodat eerder persoonlijke - op de genetische oorzaak aangepaste - medische zorg kan worden geboden. Daarnaast vermindert het de complexiteit van genetisch onderzoek en de kosten die daarmee gepaard gaan.

Meer informatie

Producten

Titel: Zeldzame aandoeningen sneller diagnosticeren.
Auteur: Deden et al.
Magazine: Nederlands Tijdschrift voor Geneeskunde
Titel: Rapid whole exome sequencing in pregnancies to identify the underlying genetic cause in fetuses with congenital anomalies detected by ultrasound imaging
Auteur: Deden et al.
Magazine: Prenatal Diagnosis
Titel: Congenital anomalies and genetic disorders in neonates and infants: a single-center observational cohort study
Auteur: A Marouane, RACM Olde Keizer, GWJ Frederix, LELM Vissers, WP de Boode, WAG van Zelst-Stams
Magazine: European Journal of Pediatrics
Titel: 8th Conference of Undiagnosed Diseases Network International
Auteur: van Zelst et al.
Titel: Medical costs of children admitted to the Neonatal Intensive Care Unit; the role and possible value of rapid Whole Exome Sequencing
Auteur: Olde Keizer et al.
Titel: Intensive Genetics
Auteur: Deden et al.
Titel: Intensive genetics: rapid whole exome sequencing in the Neonatal Intensive Care Unit
Auteur: Deden et al.
Titel: The concept of “one-genetic-test-fits-all-diseases”: a genetic and cost-effectiveness perspective
Auteur: Vissers & Frederix
Titel: WGS first / RADICON-NL
Auteur: Vissers et al.
Titel: Prenatal rapid WES
Auteur: Deden et al.
Titel: The past, the present and the future: a clinical utility study of diagnosing genetic disorders in newborns admitted to the Neonatal Intensive Care Unit?
Auteur: Deden et al
Titel: Rapid whole exome sequencing in ongoing pregnancies to identify the underlying genetic cause in fetuses with ultrasound anomalies
Auteur: Deden et al.
Titel: Economic evaluations of Next Generation Sequencing in pediatric genetics; a systematic review
Auteur: Olde Keizer et al.

Verslagen


Eindverslag

Er zijn 5.000 tot 8.000 genetische ziekten. De helft komt al tot uiting in de neonatale fase en resulteert vaak in een opname op de neonatale intensive care. Het vinden van de oorzaak is lastig terwijl deze bepalend kan zijn voor medisch beleid.

Doel
Onderzocht wordt of het versneld uitvoeren van bestaande genetische diagnostiek (exoomsequencing) bijdraagt aan een snellere diagnosestelling. Daarnaast wordt bestudeerd of bestaande diagnostiek kan worden verbeterd door het toepassen van genoomsequencing (WGS). WGS bepaalt in één experiment de gehele genetische code waarmee het andere type diagnostiek kan vervangen. Dit laatste is met name interessant voor patiënten met een ontwikkelingsstoornis, omdat zij veel verschillende testen ondergaan.

De verwachting is dat het onderzoek zal leiden tot snellere diagnosen zodat eerder persoonlijke - op de genetische oorzaak aangepaste - medische zorg kan worden geboden. Daarnaast vermindert het de complexiteit van genetisch onderzoek en de kosten die daarmee gepaard gaan.

Voortgang
Het project loopt bijna geheel volgens planning; We zijn in de deelnemende centra gestart met het testen van patiënten met de ‘spoeddiagnostiek’, en de eerste (snellere) diagnosen zijn gesteld. Ook andere deelprojecten zijn gestart, de afstemming van protocollen, (afspraken maken rondom het) delen van data en het in kaart brengen van de kosten die gemaakt worden in het diagnostisch traject.

Samenvatting van de aanvraag

GOAL: To determine the added value of Whole Genome Sequencing (WGS) as a first tier genetic test in the care pathway of patients with a rare genetic disease. HYPOTHESIS: A ‘one-test-fits-all’ WGS approach as a first tier genetic diagnostic test increases the diagnostic yield in a shortened time frame, and reduces the complexity and costs associated with obtaining this diagnosis. This approach will result in early access to personalized patient care, reducing co-morbidity and mortality. DESIGN: Prospective parallel design. POPULATION: 80 patients with neurodevelopmental disorders (NDD), and 65 critically ill neonates admitted to the neonatal intensive care unit (NICU) with disease of presumed genetic origin INTERVENTION: Diagnostic (rapid) WGS. STANDARD CARE: Sequential diagnostic testing of a large variety of genetic tests, in parallel with extensive clinical work-up. OUTCOME PARAMETERS: Primary: Number of conclusive diagnosis. Secondary: time-to-diagnosis; costs-to-diagnosis; cost-effectiveness; effect and impact on medical decision making and treatment. Care pathways will be defined as well as the optimal position of WGS herein. SAMPLE SIZE: 145 patients (and their parents), totalling 435 individuals. CEA/BIA: Economic evaluation will take place alongside the parallel genetic study, with outcome measures at patient level for costs, conclusive diagnoses, and time-to-diagnosis. Relevant costs and effects will be modelled to determine the appropriate position of WGS. Estimates of costs spent on obtaining a diagnosis indicate that standard care amounts to 15.836 euro and 40.501 euro per NDD and NICU patient, respectively. WGS-first may reduce this to 8.885 euro for NDD patients and 32.974 euro for NICU patients. Asumming that WGS-first is effective, an annual saving of 18.4 million euro can be achieved, which equals 37% of the estimated current total budget.

Kenmerken

Projectnummer:
846002003
Looptijd: 100%
Looptijd: 100 %
2016
2022
Onderdeel van programma:
Gerelateerde subsidieronde:
Projectleider en penvoerder:
Dr. L.E.L.M. Vissers
Verantwoordelijke organisatie:
Radboudumc