Kennis over pathogenen, hun verspreiding en ziekmakend vermogen is nodig voor effectieve diagnostiek, behandeling en bestrijding. Bij nieuw opduikende infectieziekten is deze kennis gewoonlijk versnipperd en te laat beschikbaar. In een unieke samenwerking tussen (medische en veterinaire) klinische, fundamentele en public healthonderzoekers maken we in dit project gebruik van de razendsnelle toename van mogelijkheden voor next generation sequencing (NGS).
We stellen fundamentele vragen over relaties tussen genetische kenmerken van (nieuwe) orthomyxovirussen, calicivirussen en coronavirussen en het gebruik daarvan voor het voorspellen van gastheer tropisme, virulentie en transmissie.
Ons doel is de analysemogelijkheden van NGS data zo te ontwikkelen dat deze gebruikt kunnen worden voor een effectieve respons tijdens uitbraken. Potentiële gebruikers worden nauw betrokken zodat zij de uitkomsten daadwerkelijk zullen kunnen en willen gebruiken.