Het Agiko-programma ontleent zijn naam aan de zogeheten Agiko-constructie (Agiko=assistent geneeskundige in opleiding tot klinisch onderzoeker). Het programma wil het wetenschappelijk onderzoek in de klinische praktijk verbeteren en de klinische praktijk versterken door verhoging van het opleidingsniveau en de wetenschappelijke scholing van professionals in de praktijk. (Basis)artsen worden in dit programma in de gelegenheid gesteld een gecombineerde (verkorte) klinische en wetenschappelijke vervolgopleiding te volgen. Het concrete eindproduct van de Agiko-opleiding is een gepromoveerde klinisch specialist, huisarts of sociaal geneeskundige met blijvende belangstelling voor wetenschappelijk onderzoek: een bruggenbouwer tussen kliniek en lab.
Nederland heeft een achterstand op het gebied van het patiëntgebonden ofwel klinische wetenschappelijk onderzoek. Dat was de boodschap die begin jaren '90 door de toenmalige Raad van Advies voor Wetenschapsbeleid werd afgegeven. Om deze achterstand in te lopen moesten niet alleen meer middelen voor het klinische onderzoek worden ingezet, maar moesten vooral ook meer artsen worden gestimuleerd om dit onderzoek uit te voeren. Dit leidde in 1991 tot de introductie van de zogenoemde agiko-opleiding: een medische vervolgopleiding waarin artsen niet alleen worden opgeleid tot medisch specialist, (verpleeg)huisarts of sociaal-geneeskundige, maar waarin zij tevens de mogelijkheid krijgen gedurende twee tot drie jaar een promotieonderzoek te doen en daarop te promoveren.