Ministeries, NWO en andere organisaties geven ZonMw de opdracht om oplossingen te zoeken voor bepaalde knelpunten of om gerichte werkterreinen te stimuleren. Dit op het gebied van gezondheidszorg en gezondheidsonderzoek.
Een analyse door deskundigen is de basis voor een programma, dat richting geeft aan oplossingen en onderzoek.
Binnen een programma kunnen wetenschaps- en praktijkinstellingen onderzoek doen of op projectbasis vernieuwingen ontwikkelen, testen en uitvoeren.
ZonMw heeft als hoofdopdrachtgevers:
Kwaliteit van wetenschap en gezondheidszorg staat bij ZonMw voorop. Door duidelijke selectiecriteria komen alleen de beste voorstellen in aanmerking voor subsidie. Voorstellen voor onderzoek en praktijkinnovatie moeten passen binnen onze programma’s. Programma's kunnen verschillende invalshoeken hebben:
Voor innovaties in de praktijk van de gezondheidszorg geldt: eerst de effectiviteit en bruikbaarheid bewijzen en dan pas invoeren.
Het werken in programma’s verhoogt de toepasbaarheid van de uitkomsten van onderzoeks- en vernieuwingsprojecten. Kennis en ervaring overdragen en gebruiken is voor ZonMw minstens zo belangrijk als de ontwikkeling ervan. Daarom stellen wij hoge eisen aan de mogelijkheden tot implementatie van projectresultaten.
Regelmatig kunnen onderzoekers (van fundamenteel tot toegepast), zorgverleners en instellingen gericht op zorg en gezondheid subsidie aanvragen voor onderzoeks- en innovatieprojecten passend binnen een programma. Ieder programma heeft zijn eigen doelstellingen, kwaliteitscriteria en deadlines. Een deskundige commissie, geadviseerd door onafhankelijke experts (referenten) selecteert de voorstellen. De commissie toetst of burgers en patiënten voldoende bij het project betrokken zijn (patiëntenparticipatie). Ook de verschillen in cultuur, geslacht of leeftijd (diversiteit) is een belangrijk criterium.